El reuso del agua residual no municipal presenta grandes diferencias entre regiones hidrológicas administrativas. En 2002, las regiones que mayor proporción del agua reutilizaban fueron Cuencas Centrales del Norte, Río Bravo, con 34 y 23% respectivamente, seguidas por Golfo Centro y Península de Baja California, con un reuso de 5% para cada una. En otras regiones, en cambio, el porcentaje de reutilización fue bajo o inexistente.