El Niño es un fenómeno que tiene su origen en el mar. Durante los años en los que se presenta, las temperaturas superficiales del Océano Pacífico son mayores a las normales. Bajo estas condiciones, las corrientes ascendentes de agua que proceden del fondo oceánico se reducen significativamente, y con ellas el aporte de minerales a las capas donde habita el plancton. Dado que la vida en el mar depende de estos organismos microscópicos y que éstos requieren a su vez de los minerales disueltos, toda la cadena alimenticia del Pacífico oriental se ve afectada. Como consecuencia, durante los años de El Niño la disponibilidad de peces, crustáceos y moluscos es menor que durante los periodos típicos, lo que ocasiona una reducción en el rendimiento de las pesquerías.
	En México, la producción pesquera del Océano Pacífico ha oscilado notablemente en los últimos años, con dos fuertes desplomes en 1992-1994 y 1998, los cuales coincidieron en términos generales con las altas temperaturas oceánicas registradas durante los años de El Niño de 1991-1992 y 1998 (Figura a). Asimismo, los años con mayor rendimiento pesquero (1989 y 1997) corresponden al fenómeno de «La Niña», en el cual las temperaturas oceánicas son menores a lo normal. Cabe señalar que El Niño de 1987 prácticamente no tuvo ningún efecto en las pesquerías, mientras que los fenómenos recientes las perjudicaron fuertemente. Un patrón muy semejante se percibe con otros eventos ligados a El Niño, como los incendios forestales (véase la Figura 2.12), y al igual que en éstos, las actividades humanas podrían ser las responsables del patrón (véase El Niño, la sobreexplotación y el abatimiento de las pesquerías).